W skład Urzędu wchodzą następujące komórki organizacyjne:

1. Wydział Finansowy,
2. Wydział Polityki Rynku Pracy;
3. Wydział Pośrednictwa Pracy
4. Centrum Informacji i Planowania Kariery Zawodowej
   1. Filia w Białej Podlaskiej
   2. Filia w Chełmie
   3. Filia w Zamościu
5. Wydział Badań i Analiz;
6. Wydział Organizacyjno-Administracyjny;
7. Wydział Funduszu Gwarantowanych Świadczeń Pracowniczych;
8. Wydział Naboru i Pomocy Technicznej RPO WL;
9. Wydział Wdrażania RPO WL;
10. Wydział Realizacji PO WER;
11. Wydział Koordynacji i Obsługi finansowej EFS;
12. Wydział Kontroli,
13. Wydział Informatyki i Telekomunikacji;
14. Oddział Kadr;
15. Oddział Zamówień Publicznych;
16. Oddział Informacji i Promocji
17. Zespół Radców Prawnych;
18. Samodzielne Stanowisko ds. BHP i PPOŻ;
19. Inspektor Ochrony Danych.